As águas residuais podem conter altos níveis de nutrientes como nitrogénio e fósforo. A emissão em excesso destes pode levar ao acúmulo de nutrientes, fenômeno chamado de eutrofização, que encoraja o crescimento excessivo (chamado bloom) de algas e cianobactérias (algas azuis). A maior parte destas algas acaba morrendo, porém a decomposição das mesmas por bactérias remove oxigénio da água e a maioria dos peixes morrem. Além disso, algumas espécies de algas produzem toxinas que contaminam as fontes de água potavel (as chamadas cianotoxinas).
Há diferentes processos para remoção de nitrogénio e fósforo:
- A desnitrificação, que requer condições anóxinas (ausência de oxigênio) para que as comunidades biolágicas apropriadas se formem. A desnitrificação é facilitada por um grande número de bactérias. Métodos de filtragem em areia, lagoa de polimento, etc, pode reduzir a quantidade de nitrogénio. O sistema do lodo activado, se bem projectado, também pode reduzir significante parte do nitrogénio;
- A remoção de fósforo, que pode ser feita por precipitação química, geralmente com sais de ferro (ex. cloreto férrico) ou alumínio (ex. solfato de alumínio). O lodo químico resultante é dificil de tratar e o uso dos produtos químicos torna-se caro. Apesar disso, a remoção química de fósforo requer equipamentos muito menores que os usados por remoção biológica.
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